- "A última cidade humana, o único lugar que nos resta."
— Tank
Zion é a última e única cidade humana conhecida em todo o planeta. A cidade é o ponto de partida para a Resistência contra as Máquinas que ameaçam sua liberdade.
Zion, a última cidade humana com mais de 250.000 habitantes, é na verdade uma enorme série de cavernas nas profundezas da superfície do planeta, perto do núcleo do planeta de onde ainda se pode obter calor, energia e proteção. Para a compreensão do governo humano que vive lá, a localização de Zion é desconhecida para as Máquinas, no entanto, elas encontraram um caminho através das Docas.
A cidade é composta de vários níveis. Esses incluem:
- As Docas: Uma área fortemente armada e fortificada onde os aerodeslizadores de Zion atracam para fazerem recarrega de munição, suprimentos e fazerem consertos. As Docas (e a própria Zion) tem uma única entrada para seus naves, que se abre para um longo corredor cheio de torretas armadas (e outras armas) em caso de ataque. Quando aberto, pelo menos uma unidade UPB fica de guarda enquanto os sistemas defensivos estão desligados para que o aerodeslizador possa entrar ou sair da área.
- Os Níveis Vivos: A maior área da cidade, essa série de cavernas que formam uma outra série complexa de níveis, é a principal parte da cidade para a maior parte da sua população.
- O Nível Mecânico: Geralmente despovoado, essas nível é habitado por séries de máquinas deliberadamente simples, mas que possuem um proposito fundamental para Zion: mantêm a cidade habitável por meio de serviços de recuperação de resíduos, purificação de água, energia elétrica e atmosfera.
Zion também possui uma complexa biblioteca, onde a história da humanidade (na medida em que pôde ser recuperada a partir dos fragmentos destruídos encontrados após a primeira Guerra de Máquinas) é armazenada.