Os túneis são uma intrincada rede subterrânea de túneis que circundam Zion e cerca de 30-40 milhas de seu perímetro. Eles são usados principalmente pelos aerodeslizadores de Zion que planam através dos canais técnicos e são capazes de invadir a Matrix inserindo redpills em seu sistema. A rede de túneis parece se estender através de toda Zion até a superfície. A única saída da rede de túneis, como visto em Revolutions, leva aos campos de fetos.
Originalmente, a ONU ordenou a perfuração desses túneis para criar uma rede subterrânea constituída de quartéis, fábricas, espaços vitais para humanos, etc., como um recurso a mais na guerra contra as Máquinass. No entanto a fé na guerra logo tornou-se evidente, e os túneis foram expandidos e aprofundados para mais 4.3 quilometros de profundidade, onde começaram, então, a construção da cidade subterrânea de Zion como o último recurso da humanidade. Com o tempo, a rede foi expandida, e gigantescas tubulações foram construídas para trazer o combustível e a energia necessários para construir a cidade. Os próprios túneis foram expandidos, permitindo que mais material fosse transportado para Zion.
Com o passar dos anos numerosas fortalezas foram construídas nos túneis para defender Zion, mas, com o tempo, as Sentinelas as destruíram (pelo menos sete vezes) deixando Zion como sendo a única base armada tripulada conhecida na Terra. No período em que a trilogia de filmes ocorre, a rede de túneis é usada pelos aerosdeslizadores de Zion para viajar pelos canais técnicos, campos de cultivo, invadir a Matrix e resgatar redpills.