Vamp Prime, um possível remanescente da Matrix Pesadelo.
A Matrix Pesadelo foi o segundo protótipo da Matrix atual, projetada pelo Arquiteto logo após o fracasso maciço da Matrix Paraíso, na esperança de que as mentes humanas pudessem aceitar mais facilmente um mundo imperfeito e com sofrimento. Ele também falhou com essa versão, mas muitos dos programas que foram projetados para essa versão da Matrix sobreviveram a exclusão e passaram a viver no exílio.
Ao contrário da primeira versão, esta Matrix instituiu uma programação básica de causa-e-efeito e forçadamente fez com que aqueles conectados a ela aceitassem a realidade que ela criava.
Essa versão da Matrix também apresentou programas que se assemelhavam a criaturas míticas malignas encontradas em várias mitologias humanas, como vampiros, lobisomens, zumbis, alienígenas, entre outros.
O Merovíngio e Persephone, sua esposa, podem ter tido suas origens nessa versão do Matrix. No entanto, após a sua falha, o Merovíngio começou uma rede de contrabando de informações e programas para fornecer um refúgio para os programas exilados que duraria 6 ciclos na versão final da Matrix.
A Matrix Pesadelo também é destaque no jogo The Matrix Online.